Il existe de nombreux cultes dans l’Egypte antique et, de ce fait, divers mythes de la création du monde. Ils varient d’une région à l’autre et des dieux tutélaires de ces régions. Les plus connues de ces cosmogonies qui coexistaient dans les différentes parties du royaume, les plus connues sont celles d'Héliopolis, d'Hermopolis, de Thèbes et de Syène (Éléphantine-Assouan).
Dans la très ancienne cosmogonie d’Héliopolis, Atoum occupe la place centrale de démiurge, de créateur de l’univers physique. Non pas à partir de rien, mais il façonne les êtres à partir de la matière préexistante. Malgré que les Dieux soient censés posséder tous les pouvoirs, les hommes façonnent souvent les mythes à leur image. Et pour créer des êtres humains, il faut être deux au moins.
Aux temps anciens, il n’existe rien. Claire Lalouette dans Au royaume d'Égypte : Le temps des rois dieux page 87, fait état d’un texte gravé : « Atoum dit « J'étais solitaire dans le Nouou et inerte. Je ne trouvais pas d'endroit où je puisse me tenir debout, je ne trouvais pas de lieu où je puisse m'asseoir. La ville d'Héliopolis où je devais résider n'était pas encore fondée, le trône sur lequel je devais m'asseoir n'était pas encore formé. Je n'avais pas encore créé Nout au-dessus de moi, la première 'corporation' de dieux n'avait pas encore été mise au monde, l’Ennéade des dieux primordiaux n'existait pas, ils étaient encore en moi... Je flottais absolument inerte ».
Aussi, Atoum n'ayant aucun partenaire pour procréer, pour engendre avec sa semence le premier couple divin (jumeau et sexué), Shou et Tefnout, d'où descendent les principaux dieux de l’Egypte, le dieu créateur se masturbe.
Selon les Textes des Pyramides (§1248), il est écrit : « Atoum se manifesta en tant que masturbateur dans Hélioplois. Il saisit son membre et y suscita la jouissance ».
Le mythe évolue : au Moyen Empire, la déesse Djeretef, « la Main du dieu » est ajoutée. Plus tard encore, le geste onaniste est édulcoré et « la Divine Main de Rê […] refermée sur la semence divine […] devint enceinte […] était devenue une belle jeune femme agréable à regarder ».
Dans les Textes des Sarcophages, il donne naissance à ses enfants par un simple crachat. Une ultime légende dit que c’est en les nommant que ses enfants sont nés. On retrouve ici toutes les variations sur les rapports entre « parole créatrice », « sperme » et « crachat ».